Η επιχειρησιακή διάρθρωση του παρόντος Επιχειρησιακού Προγράμματος «ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΗΣ ΠΡΟΣΠΕΛΑΣΙΜΟΤΗΤΑΣ», περιλαμβάνει Άξονες Προτεραιότητας, που σχετίζονται με τέσσερις διαφορετικές θεματικές ενότητες κάθε μία από τις οποίες αντιστοιχεί σε ένα γενικό στόχο του ΕΠ. Οι ενότητες αυτές είναι: α) οδικές μεταφορές και οδική ασφάλεια, β) σιδηροδρομικές μεταφορές, γ) θαλάσσιες μεταφορές και δ) αεροπορικές μεταφορές και ασφάλεια αερομεταφορών.
Ο αριθμός των Αξόνων Προτεραιότητας του ΕΠ-ΕΠ προκύπτει με τη διαμόρφωση δύο Ομάδων Αξόνων, μία για κάθε ένα από τα δύο Ταμεία χρηματοδότησής του, ΕΤΠΑ και ΤΣ, καθώς και με τη διαμόρφωση ξεχωριστών Αξόνων για κάθε θεματική ενότητα, δηλαδή οι διαφορετικοί Άξονες διαμορφώνονται με συνδυασμό των θεματικών ενοτήτων και των Ταμείων Χρηματοδότησης. Κατ’ αυτόν τον τρόπο, οι δύο ομάδες χρηματοδότησης περιλαμβάνουν Άξονες που σχετίζονται με τις οδικές, τις σιδηροδρομικές και τις θαλάσσιες μεταφορές, και οι θεματικές ενότητες περιλαμβάνουν Άξονες Προτεραιότητας που εντάσσονται σε κάθε ένα από τα δύο ταμεία, ενώ οι αεροπορικές μεταφορές περιλαμβάνονται στο σύνολό τους στην ομάδα αξόνων του ΤΣ.
Και στις δύο ομάδες περιλαμβάνεται επίσης μία πρόσθετη θεματική ενότητα Τεχνικής Υποστήριξη της Εφαρμογής του Προγράμματος διαχωρισμένη σε δύο Άξονες, έναν για κάθε Ομάδα χρηματοδότησης.
«Άξονες Προτεραιότητας Όμαδας Χρηματοδότησης από ΕΤΠΑ»
| ΑΞΟΝΕΣ ΠΡΟΤΕΡΑΙΟΤΗΤΑΣ | ΚΟΙΝΟΤΙΚΗ ΣΥΝΔΡΟΜΗ | ΔΗΜΟΣΙΑ ΔΑΠΑΝΗ | |
| Α' | ΟΔΙΚΕΣ ΜΕΤΑΦΟΡΕΣ – ΔΙΕΥΡΩΠΑΪΚΟ ΟΔΙΚΟ ΔΙΚΤΥΟ ΚΑΙ ΟΔΙΚΗ ΑΣΦΑΛΕΙΑ ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΩΝ ΣΤΟΧΟΥ ΣΥΓΚΛΙΣΗΣ | 1.744.884.950 | 307.920.874 |
| Β' | ΣΙΔΗΡΟΔΡΟΜΙΚΟ ΔΙΚΤΥΟ ΠΑΘΕ/Π ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΩΝ ΣΤΟΧΟΥ ΣΥΓΚΛΙΣΗΣ | 161.500.000 | 28.500.000 |
| Γ' | ΘΑΛΑΣΣΙΕΣ ΜΕΤΑΦΟΡΕΣ- ΛΙΜΑΝΙΑ ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΩΝ ΣΤΟΧΟΥ ΣΥΓΚΛΙΣΗΣ | 43.865.050 | 7.740.891 |
| Δ' | ΑΕΡΟΠΟΡΙΚΕΣ ΜΕΤΑΦΟΡΕΣ- ΑΕΡΟΔΡΟΜΙΑ ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΩΝ ΣΤΟΧΟΥ ΣΥΓΚΛΙΣΗΣ | 0 | 0 |
| Ε' | ΟΔΙΚΗ ΑΣΦΑΛΕΙΑ ΚΑΙ ΑΣΦΑΛΕΙΑ ΔΙΚΤΥΩΝ ΜΕΤΑΦΟΡΩΝ ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΩΝ ΣΤΟΧΟΥ ΣΥΓΚΛΙΣΗΣ | 0 | 0 |
| ΣΤ' | ΤΕΧΝΙΚΗ ΥΠΟΣΤΗΡΙΞΗ ΕΦΑΡΜΟΓΗΣ ΑΞΟΝΩΝ ΠΡΟΤΕΡΑΙΟΤΗΤΑΣ ΕΤΠΑ | 12.750.000 | 2.250.000 |
| ΣΥΝΟΛΟ ΕΤΠΑ: | 1.963.000.000 | 346.411.765 | |
«Άξονες Προτεραιότητας Όμαδας Χρηματοδότησης από Ταμείο Συνοχής»
| ΑΞΟΝΕΣ ΠΡΟΤΕΡΑΙΟΤΗΤΑΣ | ΚΟΙΝΟΤΙΚΗ ΣΥΝΔΡΟΜΗ | ΔΗΜΟΣΙΑ ΔΑΠΑΝΗ | |
| Ζ' | ΟΔΙΚΕΣ ΜΕΤΑΦΟΡΕΣ – ΔΙΕΥΡΩΠΑΪΚΟ ΟΔΙΚΟ ΔΙΚΤΥΟ | 1.585.978.077 | 279.878.484 |
| Η' | ΣΙΔΗΡΟΔΡΟΜΙΚΟ ΔΙΚΤΥΟ ΠΑΘΕ/Π | 481.000.000 | 84.882.353 |
| Θ' | ΘΑΛΑΣΣΙΕΣ ΜΕΤΑΦΟΡΕΣ – ΛΙΜΑΝΙΑ ΔΙΕΥΡΩΠΑΪΚΟΥ ΔΙΚΤΥΟΥ | 8.102.263 | 1.429.812 |
| Ι' | ΑΕΡΟΠΟΡΙΚΕΣ ΜΕΤΑΦΟΡΕΣ ΚΑΙ ΑΣΦΑΛΕΙΑ ΑΕΡΟΜΕΤΑΦΟΡΩΝ – ΑΕΡΟΔΡΟΜΙΑ ΔΙΕΥΡΩΠΑΪΚΟΥ ΔΙΚΤΥΟΥ | 58.330.524 | 10.293.622 |
| ΙΑ' | ΚΑΘΑΡΕΣ ΑΣΤΙΚΕΣ ΣΥΓΚΟΙΝΩΝΙΕΣ - ΜΕΣΑ ΜΑΖΙΚΗΣ ΜΕΤΑΦΟΡΑΣ | 0 | 0 |
| ΙΒ' | ΚΥΚΛΟΦΟΡΙΑΚΗ ΚΑΙ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΔΙΑΧΕΙΡΙΣΗ ΔΙΚΤΥΩΝ ΜΕΤΑΦΟΡΩΝ | 0 | 0 |
| ΙΓ' | ΤΕΧΝΙΚΗ ΥΠΟΣΤΗΡΙΞΗ ΕΦΑΡΜΟΓΗΣ ΑΞΟΝΩΝ ΠΡΟΤΕΡΑΙΟΤΗΤΑΣ ΤΑΜΕΙΟΥ ΣΥΝΟΧΗΣ | 63.750.000 | 11.250.000 |
| ΣΥΝΟΛΟ ΤΑΜΕΙΟΥ ΣΥΝΟΧΗΣ: | 2.197.160.864 | 387.734.271 | |